Rumah Sakit Santo Antonius Jopu didirikan oleh Uskup Agung Ende, Mgr. Antonius Theisen pada tahun 1961. Pada awal berdirinya, rumah sakit ini merupakan Balai Pengobatan dan Balai Kesehatan Ibu dan Anak (BP/BKIA) dengan kapasitas 45 tempat tidur. Rumah sakit santo Antonius Jopu berlokasi di desa Jopu, kecamatan Wolowaru, kabupaten Ende, provinsi Nusa Tenggara Timur. Rumah sakit ini dirintis oleh Yayasan Kesehatan Santo Lukas Ende dan dikelola oleh para Suster Tarekat CIJ (Congregatio Imitation Jesu) dengan tujuan melayani umat / masyarakat dipelosok Keuskupan Agung Ende dibawah pengawasan Dokter Puskesmas Wolowaru. Seiring dengan berjalannya waktu dan meningkatnya kebutuhan pelayanan kesehatan masyarakat, Keuskupan Agung Ende mendatangkan seorang dokter yaitu dr. Paulus The (The Gwan Tjaij) pada tanggal 1 September 1967. Sejak tanggal 1 September 1967 sampai dengan tahun 1970 dr. Paulus The berjuang untuk meningkatkan Status BP/BKIA menjadi Rumah Sakit dengan membentuk Organisasi Biro Medis bersama Vikjen Keuskupan Agung Ende.
Pimpinan Yayasan Kesehatan Santo Lukas Ende mengajukan permohonan izin untuk menyelenggarakan RS Santo Antonius Jopu. Pada tanggal 30 September 1991 RS Santo Antonius Jopu mendapat izin menyelenggarakan rumah sakit umum dengan dikeluarkannya Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor: 0933/YANMED/RSKS/PA/SK/IX/1991 Tentang Pemberian Izin Kepada Yayasan Kesehatan Santo Lukas Ende, Jopu, Kec. Wolowaru, Kab. Ende, NTT Untuk Menyelenggarakan Rumah Sakit Umum dengan Nama RS Santo Antonius Jopu Kec. Wolowaru, Kab. Ende, Propinsi Nusa Tenggara Timur. Akhirnya Yayasan Kesehatan Santo Lukas Keuskupan Agung Ende memutuskan untuk menyerahkan pengelolaan RS Santo Antonius Jopu kepada pengelola yang lain.
Pada tanggal 10 Oktober 2009, secara resmi RS Santo Antonius Jopu diserahkan kepada pengelola yang baru yaitu Biara CIJ (Congregatio Imitation Jesu) Ende. Dalam masa alih kelola tersebut RS Santo Antonius Jopu mulai mengembangkan diri dengan melakukan pembangunan gedung dan penambahan fasilitas-fasilitas pelayanan kesehatan yang lebih lengkap, sehingga kapasitas RS Santo Antonius Jopu menjadi 50 tempat tidur. Seiring dengan perjalanan pelayanan kesehatan yang diberikan kepada masyarakat, rumah sakit ini mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan.
Perubahan terakhir terjadi pada tahun 2010 yaitu dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten Ende Nomor: 0067/SDM.04/REGSI/SIP/VII/2010 tentang Izin Tetap, dimana secara fungsional RS Santo Antonius Jopu mendapat izin operasional rumah sakit yang berlaku sejak tanggal 29 Juli 2010 – 29 Juli 2015. Keputusan ini ditindak-lanjuti dengan dikeluarkannya surat Rekomondasi Nomor: Dinkes.Yanmed. 264/445.1/IX/2010 Tentang Penetapan Kelas RS Santo Antonius Jopu Kabupaten Ende, Provinsi Nusa Tenggara Timur dimana RS Santo Antonius Jopu direkomondasikan untuk ditetapkan kelas tipe D, dengan kapasitas tempat tidur berjumlah 50 tempat tidur. Pada tahun 2015 dengan berakhirnya izin operasional rumah sakit, ketua Yayasan Efata bersama direktur RS Santo Antonius Jopu kembali mengajukan permohonan izin operasional Rumah sakit kepada Pemerintah Kabupaten Ende Kantor Pelayanan Perizinan Terpadu Satu Pintu. RS Santo Antonius Jopu mendapat izin operasional rumah sakit dengan dikeluarkannya Surat Ijin Operasional Rumah Sakit Pemerintah Kabupaten Ende Kantor Pelayanan Terpadu Satu Pintu Nomor: KPPTSP.503/IRS.01/01/XI/2015 yang berlaku s/d 6 Juli 2025
Visi
Menjadi Rumah sakit terbaik diwilayah Ende Lio dengan mengutamakan keselamatan pasien melalui pelayanan kesehatan yang berkualitas.
Misi
Misi RS Santo Antonius Jopu disusun Untuk Mencapai Visi rumah sakit. Misi RS terdiri dari 5 hal yaitu :
- Memberikan pelayanan kesehatan yang holistic dan komfrehensif untuk semua masyarakat tanpa membedakan suku, Ras dan Agama.
- Meningkatkan profesionalisme Sumber Daya Manusia
- Meningkatkan sarana dan prasarana
- Menjalin kemitraan dengan pemerintah swasta dan masyarakat.
- Mengupayakan biaya yang efisien
TUJUAN
- Terwujutnya pelayanan kesehatan yang bermutu dan terjangkau
- Meningkatkan pelayanan yang berorientasi pada pasien
- Memberi perlindungan terhadap keselamatan pasien,Masyarakat lingkungan dan Sumberdaya dirumah sakit.
NILAI-NILAI
P: Profesional
E: Egalite
L: Loyalitas
I: Integritas
TA : Cinta Kasih
FALSAFAH
“Aku berkata kepadamu sesungguhnya segala sesuatu yang kamu lakukan untuk salah seorang saudaraku yang paling hina ini, kamu telah melakukan kepada aku “ (Matius 25:40)”, Pasien adalah Yesus yang hadir nyata
MOTTO :
CARITAS CHRISTI UR GET NOS
(CINTA KRISTUS MENDORONG KAMI)
Arti Logo RS Santo Antonius Jopu

- Simbol:
- Salib yang melambangkan keselamatan
- Hati yang melambangkan cinta tanpa batas
- Segitiga melambangkan persatuan
- Warna:
- Merah : Berani berkorban untuk melayani
- Biru : Memberikan ketenangan dan kenyamanan dalam pelayanan
- Putih : Melayani dengan hati yang tulus.
BUDAYA ORGANISASI RS SANTO ANTONIUS JOPU
- Saya malu bila tidak senyum, salam dan sapa terhadap sesama
- Saya malu bila terlambat masuk kerja
- Saya malu bila tidak menggunakan pakaian seragam beserta atributnya
- Saya malu bila pulang lebih awal
- Saya malu bila tidak menggunakan waktu untuk berbuat baik
- Saya malu bila melakukan perkerjaan yang tidak sesuai dengan protap